高昌古城维吾尔语称亦都护城，即“王城”之意，曾是高昌王国的都城，位于吐鲁番市东面40多公里的三堡乡。高昌古城规模宏大，十分壮观。总面积200万平方米，是古代西域留存至今最大的故城遗址。1961年高昌古城被列为国家重点文物保护单位。高昌，西域古国，位于今新疆吐鲁番市东偏南（约27公里）哈喇和卓之三堡乡和二堡乡之间（312国道火焰山风景区南4公里），是古时西域交通枢纽。亦为古代新疆政治、经济、文化的中心地之一。高昌历史文献，有《新唐书•高昌传》有比较详细的记载。公元5世纪中叶至7世纪中叶,在这个狭窄的吐鲁番盆地中，曾先后出现四个独立王国，分别是阚氏高昌、张氏高昌、马氏高昌及麴氏高昌。

高昌故城呈长方形，周长5.4公里，分外城、内城、宫城三部份。外墙基宽12米，墙高11．5米，夯士筑成。全城有九个城门，西面北边的城门保存最好。高昌城在13世纪末的战乱中废弃，大部分建筑物消失无存，目前保留较好的外城西南和东南角保存两处寺院遗址。内城北部正中有一座不规则的方形小城堡，当地人称“可汗堡”。
高昌古城被誉为“长安远在西域的翻版”曾经有一位考古学家这样说“如果想知道盛唐时的长安城是什么样，就来吐鲁番的高昌故城吧，它就是唐时长安远在西域的翻版”。时光已逝千年，但当时的繁盛仍依稀可见。高昌故城的内外建筑类型于唐代长安城的形制和布局。全程平面略呈不规则的正方形，布局可以分为外城、内城和宫城三部分。城垣保存较完整。进入城内、可参观外城墙、内城墙、宫城墙、可汗堡、烽火台、佛塔等留存较为完整的建筑。外城内西南角有一座全城最大的佛寺遗址，占地1万平方米，佛寺两侧曾立着高大的佛塔，院内正中有残存着菩萨像和壁。

高昌故城外城西南角的一所寺院，占地近一万平方米，由大门、庭院、讲经堂、藏经楼、大殿、僧房等组成。从建筑特征和残存壁画上的联珠纹图案分析，其建筑年代约在公元六世纪。寺院附近还残存一些“坊”、“市”遗址，可能是小手工业者的作坊和商业市场。外城的东南角也有一所寺院，保存有一座多边形的塔和一个礼拜窟（支提窟），是城内唯一保存有较好壁画的地方。从壁画的风格和塔的造型分析，为回鹘高昌后期（公元12-13世纪）的建筑。

内城北部正中有一平面不规则略呈正方形的小堡垒，当地叫“可汗堡”。堡内北面的高台上有一高达十五米的夯筑方形塔状建筑物；稍西有一座地上地下双层建筑物，现仅存地下部分，南、西、北三面有宽大的阶梯式门道供出入，规模虽不大，但与交河故城现存唐代最豪华的一所官署衙门建筑形式相同，可能是一宫殿遗址。解放前，一支德国考察队曾在堡内东南角盗掘出一方“北凉承平三年(445)沮渠安周造寺功德碑”。沮渠安周是在高昌建立流亡政权的北凉王，据该碑推断，此堡可能是当时的宫城，并有王室寺院。

北部的宫城内留存许多高大的殿基，一般高三米半至四米左右，可以看出其中有高达四层的宫殿建筑遗址。

高昌城北面原是一片茫茫戈壁，居民死后大都葬在这里。整个墓群从城东北一直延伸到城西北，东西长约五公里，南北宽两公里，占地十平方公里左右。本世纪初以来，在这里发掘清理墓葬五百多座，出土文书、丝毛棉麻织物、墓志、钱币、泥塑木雕俑、陶木器皿、绘画、农作物、瓜果食品等各种历史文物，数以万计。

高昌古城始建于公元前１世纪汉代，是世界宗教文化荟萃的宝地之一。

高昌古城是研究高昌国历史变迁的一个很好历史遗存。